小组赛八个第一和八个第二，总共16支球队将参与抽签。其中包括冠军杯历史上成绩最好的三家俱乐部。9届冠军得主皇家马德里，6届冠军AC米兰(blog)和5次夺冠的利物浦(blog)。其中皇马(blog)是小组第二，卫冕冠军巴塞罗那也以分组赛第二名的身份参与本次抽签，此外，另外两支曾经两夺冠军的名旅国米和波尔(wiki)图小组赛也取得第二，只能成为第二种子。
十六强抽签遵循四个原则：来自同个足球协会的球队不会相遇；同一小组的球队不会相遇；小组第二不会相遇；小组第二的球队先打主场。
十六强淘汰赛将在2月20、21日和3月6日、7日分别进行两回合主客场的比赛，最终总比分获胜者晋级八强。如果双方总比分打平，客场入球以双倍计算，如果仍打平，则加时30分钟决定比赛胜负。加时赛也计算主客场进球，仍无法分出胜负，则射点球决定出线队伍。(网易体育)
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2006/07赛季欧冠十六强 | ||
| 小组第一 | 小组第二 | |
| A 切尔西(blog)(英格兰) | 巴塞罗那 (西班牙) | |
| B 拜仁慕尼黑 (德国) | 国际米兰(blog) (意大利) | |
| C 利物浦 (英格兰) | 埃因霍温 (荷兰) | |
| D 瓦伦西亚 (西班牙) | 罗马(blog) (意大利) | |
| E 里昂 (法国) | 皇家马德里 (西班牙) | |
| F 曼联(blog) (英格兰) | 凯尔特人 (苏格兰) | |
| G 阿森纳(blog) (英格兰) | 波尔图 (葡萄牙) | |
| H AC米兰 (意大利) | 里尔 (法国) | |
